Née à Châteauroux, Emmanuelle Huynh a fait des études de philosophie et de danse. Elle a participé en tant qu’interprète aux projets de Nathalie Collantes, Hervé Robbe, Odile Duboc, Catherine Contour, le Quatuor Knust. Collaboratrice de la revue Nouvelles de Danse, elle a mené, depuis 1992, une série d'entretiens avec Trisha Brown, qui seront bientôt publiés. En 1994, elle bénéficie d’une bourse Villa Médicis hors-les-murs pour un projet au Viêt-nam, et crée à son retour, le solo Múa, avec l’éclairagiste Yves Godin et le compositeur Kasper T.Toeplitz. Elle poursuit son travail chorégraphique en 1997 avec Passage, en 1998 avec Tout contre puis Distribution en Cours, pièce pour 6 danseurs et un astrophysicien, en  2000.

Elle développe un travail pédagogique en direction des écoles d’art sous forme d’ateliers ou au sein de lieux de formation pour danseurs (ex.e.r.ce à Montpellier).

Elle organise des sessions de travail regroupant des artistes de champs différents : Hourvari, laboratoire instantané au Centre Pompidou en 2001, Edelweiss au Centre chorégraphique national de Montpellier en 2003, Ligne d’arrivée dans le cadre de la résidence de la compagnie au Domaine départemental de Chamarande en 2004.

Elle collabore régulièrement avec des artistes plasticiens (Erik Dietman pour la performance Le modèle modèle, modèle ; Frédéric Lormeau pour Vasque fontaine/partition Nord ; Fabien Lerat pour Visite guidée/vos questions sont des actes ; Nicolas Floc’h pour Bord, tentative pour corps, textes et tables, projet chorégraphique sur des textes de Christophe Tarkos ; Numéro, Heroes et La Feuille) et propose des performances dans des musées. A Vida Enorme/épisode 1, duo à partir de textes du poète portugais Herberto Helder,  est créé en novembre 2003. En juillet 2004, elle est directrice artistique du festival Istanbul Danse, projet de coopération entre artistes turcs et artistes français regroupant tout à la fois diffusion, pédagogie et débats.

Heroes, pièce pour sept danseurs et un musicien sur les figures héroïques de notre enfance et notre engagement quotidien, est créée en mai 2005 ; Le Grand Dehors, conte pour aujourd’hui, créé en 2007, s’est attaché aux « danses perdues », danses que l’on abandonne durant un travail chorégraphique, et qui témoignent cependant d’un état du monde.

En mars 2008, elle a chorégraphié le duo Futago (« Jumelle » en japonais) dans le cadre de Monster Project, dialogue d’écritures chorégraphiques créé à Kyoto avec le chorégraphe japonais Kosei Sakamoto, sur le thème du monstre. Cribles, légende chorégraphique pour 1000 danseurs, évoquant les danses rituelles à travers la forme de la ronde est créée en juin 2009 au festival Montpellier danse.

Emmanuelle Huynh travaille également un duo avec Madame Seiho Okudaira, maître Ikebana : Shinbaï , le vol de l’âme, créé à Angers à l’automne 2009 puis présenté dans le cadre du Festival d’Automne à Paris 2009.

Depuis février 2004, Emmanuelle Huynh est directrice artistique du Centre national de danse contemporaine d’Angers (CNDC), elle y met en œuvre son projet pour ce centre chorégraphique national qui est aussi une école supérieure exclusivement dévolue à la danse contemporaine. Les deux formations de l’école sont destinées à de jeunes artistes chorégraphiques, interprètes (Formation d’artiste chorégraphique) et auteurs (ESSAIS). Emmanuelle Huynh accompagne ainsi les artistes émergents, notamment à travers le festival Schools, rencontres internationales des écoles de danse, dont la première édition a eu lieu à Angers en mai 2009.